تعتمد الوكالة الوطنية لمحاربة الأمية على تنظيم هيكلي منظم ولا مركزي، يتمحور حول مقر مركزي بالرباط وشبكة ترابية واسعة النطاق. وتُمكّن هذه البنية من تنفيذ مهام الوكالة بفعالية على الصعيد الوطني، من خلال تنسيق الجهود بين المركز والمصالح الجهوية والإقليمية.
تتوزع المصالح المركزية للوكالة على أربعة أقسام وظيفية ذات أدوار متكاملة:
يتولى تصميم البرامج التربوية وإعداد الأدوات البيداغوجية الملائمة لمختلف الفئات المستهدفة، وتكوين الفاعلين الميدانيين، بالإضافة إلى تطوير آليات التكوين عن بُعد.
يُعنى بالتخطيط الاستراتيجي، وإجراء الدراسات، وتتبع وتقييم البرامج، وإدارة البيانات والمعطيات الإحصائية وأنظمة المعلومات.
يتكفل بتدبير الجوانب المتعلقة بالميزانية، والموارد البشرية، والصفقات العمومية، والخدمات العامة، لضمان السير الإداري واللوجستي السليم للوكالة.
يعمل على تطوير وتنشيط الشراكات الوطنية والدولية، وتعبئة الموارد الخارجية، وقيادة التواصل المؤسساتي للوكالة.
حرصاً على القرب من الفئات المستهدفة وترسيخ العمل محلياً، تعتمد الوكالة على شبكة ترابية منظمة:
تشرف على تنسيق البرامج على المستوى الجهوي، وتتابع عمل الشركاء، وتدير الشبكة الجهوية لمحاربة الأمية.
منتشرة على الصعيد المحلي، وتتكلف بالتنفيذ العملي للبرامج، بتنسيق وثيق مع الجمعيات، والجماعات الترابية، والمؤسسات العمومية، وباقي الفاعلين المحليين
